Henkikirja oli maan väestöstä ja kiinteistöistä kutakin kuntaa varten erikseen pidetty väestöluettelo. Sen laati henkikirjoittaja vuosittain pidetyn henkikirjoituksen perusteella ja sen tietoihin perustui maan väkiluku, verovelvollisuuden täyttäminen ja äänioikeuden käyttämismahdollisuus.
Henkikirjojen alkuna voidaan pitää Ruotsi-Suomen vuoden 1556 voutijärjestystä, jonka perusteella voudit laskivat väkiluvun kylittäin ja taloittain. Nimi henkikirja tuli käyttöön 1620-luvun lopulla, jolloin luetteloja alettiin ylläpitää henkirahan perimistä varten.
Aluksi henkikirjoihin merkittiin 15–65-vuotiaat henkilöt, ei kuitenkaan aatelisia, sotilaita tai niitä, jotka työkyvyttömyyden tai köyhtymisen vuoksi eivät voineet henkirahaa maksaa. Vuodesta 1766 lähtien niihin merkittiin koko väestö, myös veroista vapautetut. Henkikirjoittajan tehtäväksi henkikirjan laatiminen tuli 1779...
Vuoden 1950 henkikirjoitusasetuksen mukaan henkikirjaan merkittiin kiinteistöt kylittäin ja kaupunginosittain, kiinteistön omistaja ja omistajan kotipaikka. Kunkin kiinteistön kohdalle merkittiin kaikki siellä asuvat henkilöt.
Henkikirjoja Suomesta säilytetään Kansallisarkistossa Helsingissä ja niitä sisältyy jossain määrin myös Arkistolaitoksen Internetissä julkaisemaan Kansallisarkiston digitaaliarkistoon.